A missão da SGMFAP, definida no número 1 do Artigo 2º do Decreto Regulamentar n.º 20/2007, de 29 de Março, Lei Orgânica da Secretaria-Geral do Ministério das Finanças e da Administração Pública, consiste em «assegurar o apoio técnico e administrativo aos gabinetes dos membros do Governo integrados no MFAP e aos demais órgãos e serviços nele integrados, nos domínios da gestão de recursos internos, do apoio técnico-jurídico e contencioso, da documentação e informação e da comunicação e relações públicas».
O conjunto de atribuições da Secretaria-Geral, maioritariamente caracterizadoras de uma organização vocacionada para o desenvolvimento de actividades de suporte, encontra-se estipulado no número 2 do Artigo 2º da Lei Orgânica da SGMFAP:
Visão
Firmar a identidade da SGMFAP no quadro do Ministério das Finanças e da Administração Pública, afirmando-a como Organismo de referência pela qualidade, fiabilidade, eficácia e eficiência dos serviços prestados.
Valores
VISÃO/ RIGOR/ MISSÃO/ FIABILIDADE/ QUALIDADE/ PROACTIVIDADE